很多人做 miRNA 相关课题时，卡住的地方不在测序本身，而在于手里那张差异表达表格——几十个 miRNA、上千个候选靶基因，谁调控谁，网络该从哪儿连起？这门课谈的就是把这张表变成一张能讲清楚调控逻辑的网络图。

先确认自己缺的是哪一块

如果你的背景是生物实验，会跑 qPCR、看得懂热图，但一遇到「预测靶基因」「取交集」「算显著性」就开始发怵，缺的主要是数据处理的环节。

如果你是从编程或统计转过来的，能写脚本、会用 pandas，但对 miRNA 与靶基因的作用机制（种子区配对、3'UTR 结合、抑制翻译还是降解转录本）说不清楚，问题就出在生物学解释上——网络能画出来，但读不懂边和节点的含义。

还有一种常见情况：两个工具都会用，可靶基因预测的结果来自三个数据库，互相之间的重叠部分要不要取、取几个库的交集、阈值怎么定，全凭感觉。这类判断没有标准答案，但有一套可以讲明白的思路，课程里对这部分着墨较多。

调控关系是怎么被「算」出来的

从表达数据出发构建调控关系，核心逻辑是两件事同时成立：序列层面存在结合可能，表达层面呈现负相关。前者靠靶基因预测算法，后者靠样本间的相关性检验。

这部分需要动手确认的问题很具体：同一个 miRNA，在不同预测工具里给出的靶基因列表差异有多大；为什么负相关不是充分条件；多重检验校正之后还剩多少对关系是站得住的。把这些想清楚，再看后面的网络图，就不会觉得那些连线是凭空冒出来的。

网络图不是画完就结束了

从关系列表到可视化网络，中间还有一步容易被忽略：网络属性的计算。节点的度、介数中心性、模块划分，这些指标决定了哪些 miRNA 值得后续做实验验证，哪些只是网络里的背景噪声。

用 Cytoscape 出图的部分更像是把前面的结果落地。重点不在软件怎么点，而在于布局选择、节点大小与颜色的映射依据，以及一张图能不能让审稿人一眼看出你想表达的主次关系。这部分建议跟着做一遍，因为很多参数的实际效果只有自己调过才有感觉。

看完应该能回答这几个问题

给定一份 miRNA 表达矩阵和 mRNA 表达矩阵，从哪一步开始动手，先后顺序是什么？
多个数据库的靶基因预测结果，取交集和取并集分别适用于什么场景？
网络里一个高度连接的 miRNA，凭什么认为它比别的更关键？
如果相关性方向和预测的结合关系相反，是数据有问题还是机制上有别的解释？
整个流程里，哪一步的结果最经不起换参数，需要额外做稳健性检查？

适合什么状态下打开

这门课不太适合完全没接触过生信数据的人当第一课——如果连表达矩阵是什么形状、差异分析在比什么还没概念，先补基础更省时间。它更适合已经跑过一次差异分析、手里有结果但对下游网络构建没把握的人，当作一次把思路理顺、把工具串起来的机会。看的时候建议打开自己的数据同步操作，光看视频里跑通，换成自己的数据仍然会卡在阈值和参数上。

网易云课堂-数据挖掘：miRNA调控网络构建

miRNA调控网络构建与数据分析

编辑点评

深入解析miRNA调控网络构建方法，理论与实践结合，适合生物信息学及数据分析爱好者。

⭐ 编辑推荐

本课程深入讲解miRNA调控网络构建的理论与实践，通过案例分析，掌握数据挖掘与生物信息学应用。

课程亮点

• miRNA调控网络构建方法

• 数据分析实战案例

• 生物信息学应用

课程目录

📁 02、构建调控关系理论
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    01、构建调控关系理论.mp4  [18.9 MB]
    02、构建调控关系理论.mp4  [66.5 MB]
    03、构建调控关系理论.mp4  [141.7 MB]
📁 08、cytoscape构建网络
    08、cytoscape构建网络文档.zip  [1.8 MB]
    02、cytoscape构建网络.mp4  [105.8 MB]
    01、cytoscape构建网络.mp4  [60.0 MB]
📁 03、WGCNA理论
    04、WGCNA理论.mp4  [53.2 MB]
    01、WGCNA理论.mp4  [24.3 MB]
    02、WGCNA理论.mp4  [18.9 MB]
    03、WGCNA理论.mp4  [21.0 MB]
📁 09、数据库预测
    09、数据库预测资料.png  [493.5 KB]
    01、数据库预测.mp4  [47.5 MB]
    04、数据库预测.mp4  [96.8 MB]
    02、数据库预测.mp4  [272.3 MB]
    03、数据库预测.mp4  [44.6 MB]
📁 05、提取蛋白编码基因
    05、提取蛋白编码基因说明.zip  [1.8 MB]
    02、提取蛋白编码基因.mp4  [51.9 MB]
    04、提取蛋白编码基因.mp4  [56.8 MB]
    01、提取蛋白编码基因.mp4  [65.0 MB]
    03、提取蛋白编码基因.mp4  [56.9 MB]
    05、提取蛋白编码基因.mp4  [105.1 MB]
📁 07、基于算法构建调控
    07、基于算法构建调控必看.png  [493.5 KB]
    02、基于算法构建调控.mp4  [58.4 MB]
    03、基于算法构建调控.mp4  [54.6 MB]
    01、基于算法构建调控.mp4  [64.7 MB]
    04、基于算法构建调控.mp4  [64.9 MB]
📁 01、TCGA概述
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    02、TCGA概述.mp4  [17.6 MB]
    03、TCGA概述.mp4  [37.1 MB]
    01、TCGA概述.mp4  [68.5 MB]
📁 04、数据下载
    01、数据下载.mp4  [55.2 MB]
    04、数据下载.mp4  [96.1 MB]
    03、数据下载.mp4  [47.1 MB]
    02、数据下载.mp4  [52.1 MB]
📁 06、差异分析
    01、差异分析.mp4  [52.2 MB]
    02、差异分析.mp4  [41.6 MB]
    03、差异分析.mp4  [98.3 MB]
医学方miRNA调节网络的构建配套代码.zip  [196.1 MB]