面对高维数据的复杂性,如何理清 miRNA 与基因的调控关系?
在生物信息学研究中,人类基因数量高达两万多维,这种高维度特性使得从海量数据中识别 miRNA 与其靶基因之间的调控关系变得极具挑战。本课程直击这一核心痛点,专门解决“如何从复杂的高维数据中构建可靠的 miRNA 调节网络”这一问题。对于医学生、科研人员以及希望转岗进入生信领域的技术人员来说,仅仅掌握基础测序数据流程是不够的,当研究深入到疾病共性机制或特定疾病的分子标志物筛选时,建立 miRNA-基因调控网络是必经之路。课程从数据挖掘的角度切入,不空谈理论,而是聚焦于在实际科研场景中,面对庞大的基因表达矩阵,如何通过计算手段剥离噪声,找到具有生物学意义的调控连接。
从基础薄弱到独立构建,你需要补齐哪些能力缺口?
本课程适合具备一定生物背景知识,但在生物信息学算法和挖掘方法上存在短板的读者。无论你是临床医生希望提升科研能力,还是计算机背景想要切入生信领域,这门课都能帮助你填补从“拿到数据”到“解释数据”之间的能力鸿沟。建议学习路径如下:首先,理解 miRNA 的基本功能及其在基因表达调控中的核心地位,这是构建网络的生物学基础;其次,重点攻克数据库比对技术,学习如何高效检索已知的 miRNA-靶基因相互作用信息,这是构建网络的第一步;再次,深入研习关键算法的运用,包括相关性分析、机器学习预测模型等,这是从数据中提取调控关系的核心手段;最后,了解实验验证的逻辑,明白计算预测结果如何走向湿实验验证,从而形成完整的研究闭环。
学完本课后,你将能够独立回答以下问题:在面对一个新的人类疾病转录组数据时,如何筛选出关键的差异表达 miRNA 和基因?有哪些主流的生物数据库可以用于验证或预测 miRNA-靶基因关系?不同的算法在预测准确性上各有什么优劣,应如何组合使用以提高结果的可信度?更重要的是,你将具备独立构建 miRNA 调节网络的能力,从原始表达数据出发,完成从数据预处理、候选分子筛选、调控关系预测到网络可视化展示的完整分析流程。资料包中的教程和案例将紧密配合练习环节,建议边学边操作,通过复现经典案例来巩固对数据库查询语法和算法参数设置的理解,确保真正掌握数据挖掘在分子调控研究中的实战应用。
课程介绍
68aa9d1d-a9f0-4894-a26e-f8fc32143075.png 2025-1-29 20:32 上传 适用人群 所有对生物信息学感兴趣的医生或科研人,特别是对miRNA调节网络的构建有了解需求的朋友。 课程概述 由于人类的基因数量巨大,miRNA作为调控这些基因表达的非编码RNA,其与基因的关系非常复杂。当前基因样本数目高达两万多维,随着维数的增加,获取基因与miRNA之间的关系的难度也随之增加。近年来关于基因和miRNA之间关系的研究成为生物信息学的一个热点。研究者们发现众多疾病间存在很多共性,比如某些基因和miRNA在多种疾病中都有相似的表达,需要通过一定方法识别这些疾病中相关的miRNA和基因的调控关系。目前建立两者的调控关系方法有很多,包括数据库比对,算法的运用,实验的验证等等。这些都会通过详细的介绍传递给大家。并会通过具
课程目录
68aa9d1d-a9f0-4894-a26e-f8fc32143075.png 2025-1-29 20:32 上传 适用人群 所有对生物信息学感兴趣的医生或科研人,特别是对miRNA调节网络的构建有了解需求的朋友。 课程概述 由于人类的基因数量巨大,miRNA作为调控这些基因表达的非编码RNA,其与基因的关系非常复杂。当前基因样本数目高达两万多维,随着维数的增加,获取基因与miRNA之间的关系的难度也随之增加。近年来关于基因和miRNA之间关系的研究成为生物信息学的一个热点。研究者们发现众多疾病间存在很多共性,比如某些基因和miRNA在多种疾病中都有相似的表达,需要通过一定方法识别这些疾病中相关的miRNA和基因的调控关系。目前建立两者的调控关系方法有很多,包括数据库比对,算法的运用,实验的验证等等。这些都会通过详细的介绍传递给大家。并会通过具体的操作向大家演示如何构建两者的关系。相较于之前推出的《豪斯医生基因数据挖掘》和《WGCNA详解》,此次课程在内容上进行了延伸,将重点回到了非编码RNA的调控网络上。这过程中,不仅会重新温故之前的知识,又将WGCNA作为一种新的算法构建miRNA与mRNA的关系。 具体地,你将进一步了解非编码RNA数据的下载和处理,WGCNA的理论和操作,数据库的比对,cytoscape的灵活玩转,还有R语言的基本语法。该课程的学习会为大家在科研的道路中增加新的助力。 1 TCGA概述 2 构建调控关系理论 3 WGCNA理论 4 数据下载 5 提取蛋白编码基因 6 差异分析 7 基于算法构建调控 8 cytoscape构建网络 9 数据库预测




